（一）磋商
DSU規定，WTO成員間一旦發生貿易糾紛，爭議各方首先要通過磋商解決爭議。
當一成員政府認為另一成員的貿易行為違反或不符合《馬拉喀什建立世界貿易組織協定》所規定的WTO規則，從而使本國產業遭受損害時，可要求對方進行磋商，同時應通知DSB和有關理事會或委員會。被要求磋商的成員應在接到磋商請求之日后的10天內作出答復，并應在接到請求之日后不超過30天的時間進行磋商。磋商應在被要求方接到磋商請求之日后60天內完成。
DSU規定60天的期限是希望爭端各方在此期限內能夠通過外交磋商的友好方式解決爭端。如果該成員方在接到請求之日后10內沒有答復，或在接到請求之日后30天內沒有進行磋商，或在接到磋商請求35天后雙方均認為達不成磋商一致，或者在接到磋商請求之日后60天內未達成磋商一致，投訴方可以向DSU提出申請成立專家組。
“磋商”是爭端解決機制十分強調的階段，也是程序確定的重要原則之一。所以說，一項爭端只有在通過雙方磋商而解決爭端努力宣告失敗情況下，才能由成員方政府提交爭端解決機構。為取得雙方都可接受的結果，當事雙方可以要求總干事或其他人進行調解，或以其他任何方式（如：斡旋、調停等）提供幫助。具體來說，當磋商和調解努力在60天內未取得所希望的結果時，起訴一方才能正式要求爭端解決機構建立專家組，開始啟動爭端解決機制。
爭議各方也可不通過磋商，直接要求成立專家小組。例如：若屬于兩國間有關避免雙重征稅的國際協定范圍的爭端，可由任何一方將爭端提交理事會，再由理事會提交仲裁，仲裁的裁局是終局的。
一方提出磋商要求時，應說明對方違反了WTO哪一個協議的哪一個條款，提出法律根據。若某一第三方認為正在進行的磋商與自己的貿易利益有關，也可以以第三方的身份參加磋商。但第三方須在得到磋商通知之日后10天內通知磋商當事各方參加磋商的請求。若磋商各方認為該問題與第三方沒有貿易利益關系，也可以拒絕第三方參加磋商。
爭端解決機構(DSB)在接到申請后的第二次會議上必須作出決定，即同意或不同意成立專家小組，只有爭端解決機構全體反對，專家小組才不能成立。
：（二）專家小組的工作程序
發生貿易爭端的成員政府，首先必須進行磋商。如磋商失敗，爭端一方可要求爭端解決機構設立專家小組。
正式進入DSB議程的爭端解決程序包括如下步驟：
1、成立專家小組(Panel)
專家小組的成立申請在被提出后，最遲應在該申請被首次列入DSB議程后的會議上設立。既DSB在接到成立專家小組申請后的第一次會議上只決定是否需要成立專家組。如決定成立，則列入DSB的既定日程（Built-in Agenda）。專家組在DSB第二次召開會議時成立，確定專家組的人員組成、工作范圍等。第二次會議應在提出請求后15天內舉行，這意味著給通過外交途徑解決爭端一個最后的機會。專家小組一般由3人組成。小組成員由爭議雙方共同選擇，如有不同意見，由總理事選定。專家小組的工作方式和職責范圍一方面根據雙方的要求確定，另一方面根據WTO規則確定，各協議對此有不同的規定和做法。專家小組可確定自己的工作時間表。
關于是否請專家審議小組（Expert Review Groups）進行技術審議，完全由專家小組自行決定，但爭議雙方可以提出進行技術審議的要求。根據DSU第13條的規定，專家小組還可以使用非政府組織的信息來源。爭端解決機制是解決各成員政府間爭端的機制，原則上只有政府的代表才有權參加該機制，DSU第13條的規定實際為非政府組織進入WTO開了方便之門，提供了參與WTO的機會。例如：WTO的總秘書處經常收到非政府組織發表的公報，然后送給有關各方。有關各方收到后通知秘書處，哪些同意，哪些不同意，專家小組確定哪些可以接受，哪些不能接受。
2、專家小組提出裁決報告（Panel Report）
專家小組提出裁決報告的期限一般是6個月，可以延長但無論如何不能超過9個月。一般情況下，在爭議各方提交書面材料后，專家小組緊跟著有2次口頭聽證會（實質性會議），此后專家小組開始實質的工作，由秘書處提供協助。專家小組首先拿出報告的大綱散發給爭議各方。這僅是一個描述性報告，對事實和雙方的觀點進行闡述，若雙方認為其與事實有出入，可以向秘書處澄清；此后，專家小組公布臨時報告（中期報告）。爭議各方可以進一步提出自己的觀點和論據。爭議各方和專家小組的交流必須通過書面的方式，由秘書處傳達。各方的 書面意見作為副本，附在報告之后。專家小組形成的最終報告應以三種工作語言（英、法、西）散發給各成員方，20天后，才可在DSB會議上審議通過。在向各成員分發專家小組報告的60天內，該報告在DSB的會議上應予通過。該60天的期限可以延長，但無論如何不能超過90天。通過方式采取"反向一致"的原則。
3.上訴（Appellate）
如果某一當事方不接受專家小組的裁決，它可以向DSB正式通知其將進行上訴。則爭端解決進入上訴程序。上訴的范圍僅限于專家小組報告所涉及的法律問題及由該專家小組所作的法律解釋。上訴機構有60天的時間處理上訴事宜，并通過報告。該期限可以延長但無論如何不得超過90天。上訴機構的報告應在發出后30天內經DSB通過，除非經協商一致不通過。
（三）：專家報告的執行
解決爭端機構通過專家小組或上訴機構的報告后，當事各方應予執行。在報告通過后30天內，當事方應通知DSB其履行DSB建議或裁決的意愿和改正的具體措施及期限。若不能立即執行，也可以要求在一段“合理期限”內執行。如果DSB及爭端各方對合理期限都未能達成協議，則可通過仲裁確定。合理期限一般為90天，實際操作中最長可給予15個月。如果在合理期限內，被訴方不能改正其違法做法，申訴方應在此合理期限屆滿前與被訴方開始談判，以求得雙方都能接受的補償辦法。若合理期限到期后20天內，爭議各方就補償問題達不成一致。申訴方可請求DSB授權其對被訴方進行報復或交叉報復。
爭端解決程序規定貿易爭端各方可以三種方式執行專家報告：
1. 履行
爭端解決程序強調，違背其義務的一方必須立即履行專家小組或上述機構的建議。如果該方無法立即履行這些建議，爭端解決機構可以根據請求給予一個合理的履行期限。
2. 提供補償
若違背義務的一方在合理的履行期限內不履行建議，引用爭端解決程序的一方可以要求補償。或者，違背義務的一方可以主動提出給予補償。
3. 授權報復
當違背義務的一方未能履行建議并拒絕提供補償時，受侵害的一方可以要求爭端解決機構授權采取報復措施，中止協議項下的減讓或其它義務。這意味著，當一方違背其在1994年關貿總協定或一個有關協議項下的義務時，受侵害的一方在爭端解決機構的授權下，可以提高從違背義務的一方進口貨物的關稅，所涉及產品的貿易額應相當于被起訴的措施所帶來的影響。
爭端解決程序規則規定此類報復行為應由爭端解決機構授權，并盡可能在專家小組或上訴機構判定在違背義務的關貿總協定、服務貿易總協定或知識產權協定的同一部門內采取。但當爭端解決機構認為這樣做不可能時，則可以授權在同一協定項下的其它部門采取報復措施。只有在極個別的情況下，并且作為最后的辦法，爭端解決機構才能授權采取跨協定的報復行為，如對于違背服務貿易總協定或知識產權協定項下的義務時可授權采取提高貨物關稅的辦法，予以報復。
但是，提供補償和由爭端解決機構授權采取報復是臨時性的措施。最終的結果應是違背義務的一方實施建議。爭端解決程序規則要求爭端解決機構對案例進行審議，以確保建議的全面實施。
